Ziya Musa oğlu Bünyadov 21 dekabr 1923-cü ildə Astara şəhərində anadan olub. Onun atası Bibi-Heybət alim-şeyxləri nəslindən olmuş Musa Mövsüm oğlu Bünyadov idi. O, atasının sayəsində uşaqlıqdan ərəb dilini öyrənib və Quranı oxumağa başlayıb. Anası – Lənkəranda doğulmuş Azərbaycandakı köhnə rus köçmənlərindən olan Raisa Mixaylovna Qusakova idi.
Akademik Ziya Bünyadov 1997-ci il fevralın 21-də “Hizbullah” terror təşkilatının üzvləri tərəfindən öz evinin qarşısında qətlə yetirilib.
Dəstə üzvləri 1997-ci ilin yanvarında Bakıda yığıncaq keçiriblər və Bünyadovun həyatına son qoymaq qərarına gəliblər. Yığıncaqda onun İslam tarixinin tərcüməsində, guya, kobud səhvlərə yol verdiyi bildirilib.
1997-ci ilin yanvar-fevral aylarında bir neçə nəfər Bünyadovun yaşadığı evin yerləşdiyi ərazini öyrənib. Onlar fevralın 21-də iki qrupa ayrılıblar. Silahlanmış dəstə üzvlərindən bir neçə nəfər Bünyadovun evə qayıtma vaxtını 2-ci qrupa məlumat verib. Dəstə üzvləri Ziyanın yaşadığı binanın yanında onu gözləyiblər.
1-ci və 2-ci mərtəbələrin arasındakı meydançada Nizami Nağıyev Bünyadovun arxa tərəfinə keçərək ona 5 dəfə ardıcıl zərbə vurub. Həmin vaxt hadisə yerinə Qalib Babayev gələrək, “Makarov” markalı tapança ilə Ziyanın üzünün sağ yanaq nahiyəsinə və boynuna atəş açıb. Hər iki şəxs hadisə yerindən qaçıb.
1997-ci il martın 24-də qətldə əli olan bir neçə şəxs gizli yolla İrana keçiblər. Lakin 2000-ci ildə onlar məhkəmədə azadlıqdan məhrum etmə cəzasını alıblar. 4 il davam edən məhkəmə nəticəsində onlardan 2 nəfər ömürlük, 5 nəfər isə 10-14 illik həbs olunublar.
Professor Qiyasəddin Qeybullayev məhkəmədə bildirib ki, ölümündən əvvəl onun Ziya ilə söhbəti olub. Bünyadov ona bildirib ki, İrana getmək üçün həmin ölkənin Bakıdakı səfirliyində olanda oranın əməkdaşları İran din xadimlərinin onu öldürmək istədikləri barədə məlumat veriblər. Bundan əvvəl isə akademik İranda olarkən naməlum səbəbdən avtomobil qəzasına düşsə də, sağ qalıb.
Ziya Bünyadova ölümündən 3 gün qabaq xəbər ediblər: “Deyirlər, səni öldürəcəklər”. O isə cavab olaraq deyib: “Məni öldürə bilərlər, amma fikirlərimi yox”. Bünyadov Birinci Fəxri xiyabanda dəfn edilib.
